Começou a cantar aos sete anos, no coral regido pelo pai, e teve aulas de piano desde os quatro. Estudou ainda violino e harpa, o que lhe valeu a participação, durante sete anos, na Orquestra Jovem Municipal, sob a direção de Samuel Kerr.

A vocação para a regência começou a ser trabalhada em 1973, quando passou a freqüentar os Festivais Internacionais do Paraná e o Festival de Inverno de Campos do Jordão, com maestros como Eleazar de Carvalho, Hugh Ross, Sérgio Magnani e John Neschling. Anos depois, essa opção lhe valeria o prêmio de Melhor Regente Coral, pela Associação Paulista dos Críticos de Arte (APCA). Estudou ainda regência, análise e contraponto com o maestro Hans Joachim Koellreutter.

Naomi Munakata formou-se em composição e regência em 1978, pela Faculdade de Música do Instituto Musical de São Paulo, na classe de Roberto Schnorrenberg. Estreou com o Requiem de Fauré, à frente da Orquestra Jovem Municipal.

Foi cantora e regente assistente de grupos como o Conjunto Coral de Câmara, o Coral Pró-Música Sacra e o Madrigal da Juventude. Em 1986, recebeu do governo japonês uma bolsa de estudos para o curso de aperfeiçoamento em regência da Universidade de Tóquio. Participou de cursos internacionais com maestros de renome, como John Poole (Inglaterra), Caes Rottvell (Holanda) e Eric Ericson (Suécia, com bolsa da Fundação Vitae).

Foi regente assistente do Coral Paulistano e, por sete anos, lecionou na Faculdade Santa Marcelina. Hoje, acumula as funções de professora da Faculdade de Artes Alcântara Machado e da Escola Municipal de Música (onde é também regente do coro), maestrina do grupo Vocal Farrambamba e regente do Coro da Orquestra Sinfônica do Estado de São Paulo.